Tonggak sejarah karya kerasulan KASRI di Kalimantan Timur mulai terpancang pada tahun 1907 dimana pada tahun itu, 3 Misionaris dari Ordo Fransiskan Capusin memulai karyanya di desa Laham, sebuah desa kecil yang dihuni oleh suku Dayak, terletak 500 km dari Samarinda di jalur sungai Mahakam (sekarang termasuk kecamatan Long Hubung). Di desa ini, karya kerasulan Katolik dimulai dengan mendirikan sekolah bagi masyarakat setempat. Pada tanggal 21 Februari 1955, pusat karya kerasulan Gereja Katolik dipindahkan di Samarinda dengan dibentuknya Vikariat Apostolik Samarinda. Pada tanggal 3 Januari 1961, status Vikariat Apostolik ditingkatnya menjadi Keuskupan dimana Mgr. Yacobus Romeijn MSF terpilih menjadi Uskup Samarinda Pertama. Hal ini juga menjadi latar belakang gagasan untuk mengembangkan Karya Kesehatan Katolik di Samarinda.

Gagasan kemudian dipercayakan kepada Suster MASF. Pada tanggal 4 Mei 1963 berdirilah Balai Pengobatan “Keluarga Sutji”, di kompleks Keuskupan, Kampung Jawa, Samarinda. Balai Pengobatan ini merupakan tonggak awal pembangunan dan pengembangan karya kesehatan Katolik dalam bentuk rumah sakit dan sekolah perawat di Samarinda.

Didorong meningkatnya kebutuhan akan pelayanan maka pada tanggal 26 Desember 1964 di buka sebuah Rumah Sakit Bersalin “Keluarga Suci Sumber Cinta Kasih” di dalam kompleks Keuskupan Samarinda. Sebagai dokter pengawas pada saat itu adalah dr. Oey Thian Tjay. Pada tanggal 3 Mei 1971, para pengelola, pihak-pihak yang terkait dengan rumah sakit Bersalin “Keluarga Sutji Sumber Cinta Kasih”, mengubah namanya menjadi Rumah Sakit Bersalin “Dirgahayu”. Kata “Dirgahayu” merupakan ide dan jasa Alm. Mgr. Yulius Aloysius Husin MSF (Uskup Keuskupan Palangkaraya), bersama dengan beberapa orang lain, antara lain, P. GA. Bong MSF dan P. FX. Huvang Hurang MSF. Kata “Dirgahayu” ini merupakan sebuah kata yang popular dan mudah diingat. Kata ini mengungapkan harapan akan keselamatan dan kesembuhan bagi orang yang datang ke Rumah Sakit, dan juga mengungkapkan tekad untuk melayani dengan cinta kasih semua orang tanpa kecuali.

Kegiatan di rumah sakit Dirgahayu semakin mengalami perkembangan yang cukup berarti. Tuntutan yang ada semakin berkembang. Kondisi ini menuntut ada suatu pengelola khusus yang akan membawa Rumah Sakit Bersalin Dirgahayu ke arah yang stabil, concern dan inovatif. Menyadari hal tersebut, maka dibentuk suatu badan yang khusus mengelola karya kesehatan Keuskupan Samarinda yaitu YAYASAN SETIA BUDI pada tanggal 26 Desember 1974. Dengan demikian RS. Bersalin Dirgahayu yang saat ini mengalami peningkatan statusnya menjadi Rumah Sakit Dirgahayu secara langsung berada di bawah naungan Yayasan tersebut.

Seiring dengan bertumbuhnya pelayanan dan reputasi Rumah Sakit Dirgahayu, dibutuhkan tenaga keperawatan yang sungguh mencerminkan nilai-nilai cinta kasih dan persaudaraan. Kemudian Yayasan Setia Budi Samarinda berinisiatif membuka Sekolah Perawat Kesehatan Dirgahayu pada tahun 1983 untuk memenuhi tenaga perawat di Rumah Sakit Dirgahayu.

Cikal bakal STIKES Dirgahayu Samarinda adalah Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Dirgahayu Samarinda yang  didirikan pada tahun 1983. Kepala SPK pertama adalah Sr.Bonifastio Groot, MASF yang menjabat dari tahun 1983 – 1995. Kepala           SPK kedua adalah Sr.Clara Bungai, MASF. yang menjabat dari tahun 1996 – 2000. Seiring perkembangan dan regulasi pemerintah maka Sekolah Perawat Kesehatan Dirgahayu dikonversi menjadi Akademi Keperawatan Dirgahayu Samarinda pada tahun 2000 dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor: HK.00.061.3.0088. Kemudian tahun 2002 memperoleh Ijin penyelenggaraan menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia nomor: 286/D/O/2002. Bertindak sebagai direktur pertama Akademi Keperawatan Dirgahayu Samarinda adalah Bernarda Teting,Amd.Kep., S.Pd.

Pada tahun 2003 – 2011 yang bertindak sebagai direktur kedua adalah Rufina Nga’Bid S.Kep. Kemudian tanggal 14 November 2011–30 April 2012 yang bertindak sebagai Pelaksana Tugas     Direktur AKPER yaitu E.Wiwiek P,SST,SKM. Pada tanggal 30 April 2012 dilaksanakan pelantikan direktur dan para pembantu direktur untuk masa bakti 2012 – 2015, terpilih sebagai  direktur adalah Bernarda Teting, BSN., MSN. dengan nomor SK: 2201/ysb-UP/SK/IV/2012.  Dan pada tanggal 29 Oktober 2015 dilaksanakan pelantikan direktur masa bakti 2015-2018 dengan direktur terpilih Bernarda Teting, BSN., MSN. dengan nomor SK:006/YSBS/SK/IX/2015.

Perkembangan selanjutnya karena tuntutan dan kebutuhan masyarakat terhadap tenaga keperawatan yang lebih profesional menuntut Akademi Keperawatan Dirgahayu Samarinda berubah bentuk menjadi STIKES Dirgahayu Samarinda pada tahun 2017 melalui surat keputusan Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 659/KPT/I/2017 tentang Perizinan Perubahan Bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Dirgahayu Samarinda, dengan memiliki dua program studi yaitu Program Studi Keperawatan  jenjang D-III dan Program Studi Farmasi jenjang S-1 dengan Ketua STIKES Bernarda Teting, BSN., MSN. Untuk periode 2018 – 2020 lalu dilanjutkan Ns. Vinsensia Tetty, S.Kep., M.Kep. untuk periode 2021-2024. Dan pada tanggal 16 Agustus 2022  Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia mengeluarkan  ijin Pembukaan Program Studi Keperawatan Program Sarjana dan Program Studi Pendidikan Profesi Ners Program Profesi Pada Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Dirgahayu Samarinda yang diselnggarakan oleh Yayasan Setia Budi Samarinda dengan nomor SK 602/E/0/2022 tertanggal 16 Agustus 2022. Dengan demikian pada tahun 2022 ini STIKES Dirgahayu Samarinda memiliki 3 (Tiga) Program Studi, yaitu Program Studi Diploma Tiga Keperawatan, Program Studi Keperawatan Program Sarjana dan  Program Studi Pendidikan Profesi Ners dan Program Studi S1 Farmasi. 

Sekolah Tinggi  Ilmu Kesehatan Dirgahayu Samarinda memiliki nilai-nilai dasar dan kekhasan yaitu Charitas et Fraternitas (kasih dan persaudaraan). Spiritualitas Katolik mengarah kepada kekudusan dan kasih ke dalam prinsip-prinsip kemanusiaan yang universal. Ini merangkul semua orang kepada persatuan di dalam Tuhan dalam kehidupan keseharian sehingga menjadi pembimbing dalam berbagai interaksi antar sesama. Sekolah Tinggi  Ilmu Kesehatan Dirgahayu Samarinda mengembangkan pergaulan yang akrab antar peserta didik dengan latar belakang yang beragam sehingga melahirkan kesediaan untuk saling memahami dan menghargai yang dilandasi semangat kasih dan persaudaraan.